Trung tâm Thực phẩm Dinh dưỡng là một đơn vị trực thuộc Viện dinh Dưỡng. Trong thông tư số 06/BYT – TT ngày 20/04/1981 hướng dẫn thi hành quyết định số 181/CP ngày 13/6/1980 của Hội đồng chính phủ về việc thành lập Viện dinh dưỡng trực thuộc Bộ Y tế, tại mục “tổ chức bộ máy và biên chế” có ghi: Phòng tổ chức và kỹ thuật ăn uống (bao gồm cả xưởng Pilot) là một đơn vị cấu thành và ra đời ngay từ khi có Viện Dinh dưỡng.
Thời kỳ từ năm 1981 – 1996: hoạt động của xưởng Pilot chủ yếu là sản xuất kinh doanh các sản phẩm pepsin, bột đạm cóc, bột dinh dưỡng, doanh thu chỉ ở mức 100 – 200 triệu/năm.
Trong thời kỳ 1997 – 1999: Ngoài các hoạt động sản xuất kinh doanh, Xưởng có hoạt động hợp tác nghiên cứu và phát triển sản xuất bột dinh dưỡng với tổ chức GRET.
Thời kỳ 2000 đến nay: công tác đầu tư trang thiết bị, nguồn nhân lực và nghiên cứu các sản phẩm dinh dưỡng được chú trọng phát triển. Do vậy có rất nhiều sản phẩm mới ra đời, chất lượng cao hơn, hình thức bao bì hấp dẫn hơn, chủng loại phong phú, giá thấp. Chính vì vậy giá trị sản lượng hàng năm tăng, doanh thu đạt khoảng từ 4 – 6 tỷ đồng/năm.
Để hoạt động hiệu quả hơn cho cộng đồng trong lĩnh vực phòng chống suy dinh dưỡng trẻ em, ngày 25/03/2004 Viện trưởng Viện dinh dưỡng đã quyết định nâng cấp Xưởng thực nghiệm để thành lập nên Trung tâm Thực phẩm dinh dưỡng – trực thuộc Viện Dinh Dưỡng theo quyết định số 18/QĐ – TCCB.
Ngay sau khi được thành lập, Trung tâm đã đặt vấn đề chất lượng sản phẩm và việc xây dựng hệ thống quản lý chất lượng làm mục tiêu phấn đấu. Đến năm 2006, nhà xưởng của Trung tâm đã đạt tiêu chuẩn HACCP Code 2003. Cho đến nay, Trung tâm vẫn tiếp tục duy trì và phát huy hiệu quả của hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn HACCP và đang trong giai đoạn phát triển để xây dựng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 22000.
Trung tâm Dịch vụ khoa học kỹ thuật dinh dưỡng- thực phẩm thuộc Viện Dinh Dưỡng, với tên thương hiệu là NINFOOD, được thành lập ngày 15/07/2015 theo quyết định số 2931/QĐ-BYT.